Kantor Pelayanan Perbendaharaan (KPPN) Batam berdiri pada tahun 1992 dengan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Batam. KPKN Batam beroperasi dengan menyewa ruko di Jalan Imam Bonjol, Nagoya. Baru pada tahun 1993 menempati gedung sendiri di Jalan Raja Haji, Sekupang. Gedung KPKN Batam ini diresmikan oleh Direktur Jenderal Anggaran saat itu Benjamin Parwoto pada tangal 15 Februari 1993 dengan didampingi Kepala KPKN Batam yang pertama, Wiek Kusbiantoro Rachman.