Sesuai Peraturan Menteri Keuangan Nomor 206/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, dalam pelaksanaan tugas pokok dan fungsi KPPN Medan II didukung oleh struktur organisasi yang terdiri dari: kepala kantor, 1 (satu) subbag umum, 3 seksi yaitu seksi pencairan dana, seksi bank/giro pos, serta seksi verifikasi dan akuntansi.
Bagan struktur organisasi KPPN Medan II tersebut dapat digambarkan sebagai berikut :
