KPPN Pontianak didukung oleh sumber daya manusia yang merupakan gabungan antara pegawai yang senior dan pegawai yang masih muda. Jika dikategorikan sesuai dengan generasi yang terdapat di KPPN Pontianak, KPPN Pontianak memiliki struktur yang unik yaitu memiliki pegawai yang berjumlah proporsional antara Generasi Baby Boomer, Generasi X, Generasi Y, dan Generasi Z. Kombinasi ini menjadikan tantangan tersendiri bagaimana menjadikan semua pegawai dapat berkontribusi secara optimal kepada organisasi maupun tetap terjaga komunikasi dan kerukunan di antara pegawai.

Susunan Pegawai KPPN Pontianak sampai dengan Oktober 2020 dapat disajikan dalam tabel sebagai berikut: