KPPN Bondowoso merupakah salah satu KPPN Tipe A1 Non Provinsi yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan (DJPb) Provinsi Jawa Timur. KPPN Bondowoso mempunyai tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan Bendahara Umum Negara (BUN) , penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.