Daftar penghargaan yang pernah diterima oleh KPPN Kudus :

1. Djarum Foundation untuk Bakti Pada Negeri bidang Sosial, Olah Raga, Lingkungan, Pendidikan dan Budaya Tahun 2015
2. Peringkat 1 LK BUN Daerah Tingkat Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Jawa Tengah Tahun 2016