KPPN Kudus dipimpin oleh Kepala Kantor Bapak Budi Marsudiyoto dengan 5 Kepala Seksi, 2 Pejabat Fungsional dan 16 Pelaksana dengan komposisi setiap seksi adalah sebagai berikut :

1. Sub Bagian Umum
   Dipimpin oleh Watono dengan membawahi 3 orang pelaksana.  
2. Seksi Pencairan Dana
   Dipimpin oleh Sukardi, membawahi   orang pelaksana6.
3. Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal
   Dipimpin oleh Paulina Maria Sri Maryati, dan membawahi 2 orang pelaksana.
4. Seksi Bank dan Giro Pos
   Dipimpin oleh Suwardi, sebagai Kepala Seksi dengan jumlah pelaksana 3 orang pelaksana.
5. Seksi Verifikasi dan Akuntansi
   Dipimpin oleh Handoko Teguh Waluyo, membawahi 2 orang pelaksana.

Sedangkan Kelompok Jabatan Fungsional dijabat oleh Pandu Hizbul Wathan dan Yuda Gustama.

Berikut adalah Komposisi SDM pada KPPN Kudus T.A. 2021