KPPN Samarinda terbentuk pada Tahun 1976 dengan sebutan Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) Samarinda pada Januari 1976 yang berlokasi di Jalan Gajah Mada Samarinda. Seiring berjalannya waktu, sesuai dengan perubahan atau peleburan di Kementerian Keuangan RI, KPN bersama dengan Kantor Kas Negara (KKN) melebur menjadi satu bernaung di bawah Direktorat Jenderal Anggaran menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara pada tahun 1980-an dan berlokasi di Jalan M Yamin No. 02 Samarinda. Pada tahun 2005 Kementerian Keuangan melakukan reformasi birokrasi dengan melakukan peleburan antara KPKN yang bernaung dibawah Ditjen Anggaran dengan Kantor Akuntansi Regional yang bernaung dibawah BAKUN, dan menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) yang bernaung di bawah Direktorat Jenderal Perbendaharaan.