Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Tobelo merupakan instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan (DJPBN) pada Kementerian Keuangan Republik Indonesia yang berada di bawah dan bertanggungjawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal perbendaharaan Provinsi Maluku Utara.

Berdiri pada tahun 1983 dengan nama saat itu Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN), lalu bergabung pada tahun 1995 dengan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). KPKN Tobelo kemudian pernah ditutup pada bulan Februari tahun 2000. Saat itu hampir bersamaan dengan peristiwa kelam yang mewarnai sejarah Halmahera Utara. Di mana pada saat itu terjadi konflik horizontal dan menorehkan duka di daerah berjulukan Bumi Hibualamo ini. Tidak terkecuali dengan KPPN Tobelo, sebagian bangunan gedungnya terbakar sedangkan sebagiannya dengan kondisi baik ditempati oleh pengungsi. Menurut salah seorang saksi sejarah yang merupakan pensiunan pegawai KPPN Tobelo, pelayanan perbendaharaan pada saat itu cukup terganggu dengan suasana yang mencekam, sebelum akhirnya kantor ditutup.  Namun sekarang, kondisi Halmahera Utara khususnya Tobelo sudah kembali normal, aman dan mulai berkembang.

Seiring dengan reformasi di bidang Keuangan Negara yang ditandai lahirnya Undang-undang  Nomor 17 Tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan Undang-undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara, sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 3003/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Perbendaharaandan Kas Negara (KPKN) berganti menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).

Pada tahun 2005, dengan terbitnya Surat Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia tanggal 2 Mei 2005 Nomor 214/KMK.01/2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanana Perbendaharaan Negara, KPPN Tipe B Tobelo kembali dibentuk bersamaan dengan 5 KPPN Tipe A dan 1 KPPN Tipe A Khusus Banda Aceh. Kemudian pada tanggal 31 Juni 2005 KPPN Tobelo mulai kembali beroperasi dengan menempati kantor sementara di jalan RSU, Tobelo, sambil menunggu renovasi bangunan kantor yang lama. Selanjutnya pada tahun 2006 KPPN Tobelo kembali menempati gedung lama yang telah direnovasi tersebut sampai dengan pertengahan tahun 2011. Pada bulan Agustus 2011 gedung KPPN lama dihapuskan  sesuai dengan KMK Nomor 1074/KM.1/2011, setelah itu dibangun kembali  dengan desain yang lebih modern dan dipakai sebagai gedung permanen KPPN Tobelo saat ini  yang beralamat di Jalan Kemakmuran, Tobelo.

Sejak awal berdiri hingga sekarang, kepemimpinan KPPN Tobelo pun silih berganti. Berikut ini adalah daftar para Kepala KPPN Tobelo mulai awal berdiri hingga sekarang.

1. Rudi Manosama (Kepala KPN, 1984 – 1989)
2. Sukarna (Kepala KKN, 1984 – 1989)
3. Safawi (Kepala KPN, 1989 – 1992)
4. Mulyono (Kepala KKN, 1989 – 1992)
5. Baharuddin Abbas (Kepala KPN, 1992 – 1995)
6. Simon Mimi (Kepala KPKN, 1995 – 1999)
7. Anton Sianipar (Kepala KPKN, 1996 – 2000)

Kantor ditutup (2000 – 2005)

8. Yusri Syamsudin (2005 – 2007)
9. Anang (2007 – 2009)
10. Josie Tandapai (2009 – 2010)
11. Ahmad Saprianoor (2010 – 2012)
12. Tardin Hidayat (2012 – 2014)
13. Fajar Adcha (2014 – 2016)
14. Izma Nur Choironi (2016 – 2018)
15. Muhammad Palid Siregar (2018 – 2020)
16. Muhamad Afifudin Ikhsan (2020 – 2022)
17. Toni (2022 – sekarang)

            KPPN Tobelo menempati lahan perkantoran dengan luas 2009 M² dan luas bangunan 1092 M². Selain itu KPPN Tobelo juga memiliki kompleks perumahan dinas yang terdiri dari 7 bangunan rumah dinas dengan total luas 4495 M²