Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Wates adalah instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan Kementerian Keuangan. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Wates bertanggungjawab secara langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Propinsi D. I. Yogyakarta dan dipimpin oleh seorang Kepala Kantor setingkat Eselon IIIA. KPPN Wates bertindak sebagai entitas pelaporan tingkat Unit Akuntansi Kuasa Pengguna Anggaran (UAKPA). Saat ini Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Wates dipimpin oleh Sugiyana NIP 19690925 199703 1 002 (TMT 9 Maret 2020 s.d. Sekarang), sedangkan Kepala-kepala kantor sebelumnya antara lain Yohanes Duwiatmojo NIP 19711218 199201 1 002 (Plt. Desember 2019 - Maret 2020), Nurhidayat NIP 19650510 195203 1 002 (Plt. Agustus 2019 -  November 2019), Sriwidadi NIP 19610707 198210 1 001 (Mei 2018 - Juli 2019), Mohamad Munawar, S.Sos. NIP 19700331 199703 1 001 (Maret 2015 - Mei 2018), Lili Khamiliyah, S.E., M.Si. (April 2012 - Maret 2015), Tunas Agung Jiwa Brata, S.E., M.A. (Juli 2010 - April 2012), Maksum (Plt. November 2009 - Juli 2010), Drs. Sartono, M.M. (September 2008 - November 2009), Drs. Aman Mahamel (Agustus 2006 - September 2008), Drs. Suhardjo (Pj. April 2006 - Agustus 2006).